Le fonds d'indemnisation est soumis au contrôle de l'Etat. Un contrôleur d'Etat, nommé par arrêté conjoint du ministre de l'économie, des finances et du budget et du ministre chargé de la santé, est chargé d'exercer ce contrôle.
Le contrôleur d'Etat assiste avec voix consultative aux séances de la commission d'indemnisation. A cet effet, les convocations, accompagnées des ordres du jour et des documents à examiner, lui sont adressées dans les mêmes conditions et à la même date qu'aux membres de la commission. Les procès-verbaux lui sont soumis dès leur établissement.
Pour l'exercice de sa mission, le contrôleur d'Etat peut demander communication ou prendre connaissance sur place de tous documents ou titres relatifs à la gestion du fonds d'indemnisation.
Chaque mois, une situation de trésorerie ainsi qu'un état récapitulatif des dépenses et des recettes et, chaque année, un compte rendu financier sont adressés au contrôleur d'Etat.