Art. 3. - Il dispose, pour l'exercice de ses attributions, de l'inspection générale des services des affaires maritimes, de la direction des gens de mer et de l'administration générale, de la direction des pêches maritimes et des cultures marines, de la direction de la flotte de commerce, de la direction des ports et de la navigation maritimes et de la direction de l'établissement national des invalides de la marine.
Il dispose également, en tant que de besoin, de l'observatoire économique et statistique des transports ainsi que de la direction de l'administration générale et de la direction du personnel, placés sous l'autorité du ministre de l'équipement, du logement, des transports et de l'espace.
Il fait appel, en tant que de besoin, à la direction des affaires économiques et internationales et à la direction de l'architecture et de l'urbanisme placées sous l'autorité du ministre de l'équipement, du logement, des transports et de l'espace.