Le conseil de l'éducation nationale de Paris est présidé, selon que les questions soumises à délibération sont de la compétence de l'Etat ou du département, par le préfet du département de Paris ou par le maire de Paris.
En cas d'empêchement du préfet, le conseil est présidé par le recteur de l'académie de Paris ou, en cas d'empêchement de ce dernier, par le directeur des services académiques de l'éducation nationale de Paris.
En cas d'empêchement du maire de Paris, le conseil de l'éducation nationale est présidé par un conseiller de Paris délégué à cet effet par le maire.
Les suppléants des présidents ont la qualité de vice-président.