Outre son président et deux parlementaires désignés respectivement par l'Assemblée nationale et le Sénat, le conseil d'administration comprend :

quatre représentants du ministre chargé des affaires étrangères ;

trois représentants du ministre chargé de la coopération ;

deux représentants du ministre chargé de l'éducation nationale ;

un représentant du ministre chargé du budget ;

un représentant du ministre chargé de la fonction publique ;

un représentant du ministre chargé du commerce extérieur ;

un représentant du ministre chargé de la francophonie ;

un membre du Conseil supérieur des Français de l'étranger ;

deux représentants des organismes gestionnaires d'établissements ;

deux représentants des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger désignés dans des conditions définies par arrêté conjoint du ministre chargé des affaires étrangères et du ministre chargé de la coopération ;

cinq représentants du personnel affecté tant dans les établissements d'enseignement à l'étranger que dans les services centraux de l'agence, désignés par les organisations syndicales représentatives dans des conditions définies par arrêté conjoint des ministres chargés des affaires étrangères et de la coopération.

Le directeur, le contrôleur financier et l'agent comptable assistent avec voix consultative aux travaux du conseil d'administration.

Toute personne dont le président estime la présence utile peut également assister aux délibérations du conseil d'administration avec voix consultative.