Par convention, l'agent comptable de l'université de rattachement peut être chargé par adjonction de service de la gestion comptable de l'établissement, par arrêté conjoint des ministres chargés du budget et de l'enseignement supérieur, sur proposition du directeur de l'institut.

Sur proposition du directeur de l'institut et accord du président de l'université de rattachement, l'agent comptable peut exercer les fonctions de chef des services financiers de l'établissement.