Le conseil d'administration de l'établissement public Antoine-Koenigswarter comprend dix-huit membres, nommés par arrêté du ministre chargé de l'action sociale :
1° Une personnalité qualifiée désignée par le ministre chargé de l'action sociale ;
2° Un représentant de l'Etat désigné par le ministre chargé de l'action sociale ;
3° Trois personnalités qualifiées désignées par le préfet de l'Essonne ;
4° Trois personnalités qualifiées désignées par le préfet de l'Yonne ;
5° Un représentant du département de l'Essonne désigné par le président du conseil départemental ;
6° Un représentant du département de l'Yonne désigné par le président du conseil départemental ;
7° Quatre représentants des usagers, dont deux au moins désignés sur proposition des associations nationales représentatives des personnes handicapées ou des parents d'enfants handi capés ;
8° Quatre membres élus par le personnel dans les conditions fixées par l'article 4.

Le président du conseil d'administration est nommé pour une durée de trois ans renouvelable par arrêté du ministre chargé de l'action sociale.

Les représentants du personnel sont élus au scrutin majoritaire à un tour.
Les listes de candidats sont présentées par les organisations syndicales déclarées dans l'établissement.
Dans le cas où il n'existe aucune organisation syndicale déclarée dans l'établissement les représentants du personnel sont élus dans les mêmes conditions par l'ensemble des personnels. En cas d'égalité des voix, le siège est attribué au candidat le plus âgé.