Il dispose, pour l'exercice de ses attributions, de l'inspection générale des services des affaires maritimes, de la direction des gens de mer et de l'administration générale, de la direction des pêches maritimes et des cultures marines, de la direction de la flotte de commerce, de la direction des ports et de la navigation maritimes et de la direction de l'Etablissement national des invalides de la marine.
Il dispose également, en tant que de besoin, de l'Observatoire économique et statistique des transports et de la mer placé sous l'autorité du ministre de l'équipement, du logement, des transports et de la mer ainsi que de la direction de l'administration générale et de la direction du personnel placées sous l'autorité du ministre d'Etat, ministre de l'équipement et du logement.
Il fait appel, en tant que de besoin, à la direction des affaires économiques et internationales et à la direction de l'architecture et de l'urbanisme placées sous l'autorité du ministre d'Etat, ministre de l'équipement et du logement.