La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion assurée selon les règles du droit privé sauf si les parties contractantes ont fait le choix de la gestion publique ou si le groupement d'intérêt public n'est constitué que de personnes morales de droit public.
Dans ces deux hypothèses, les dispositions du décret du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique sont applicables et l'agent comptable du groupement est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.