Lorsque l'autorité territoriale estime, au vu d'une attestation médicale ou sur le rapport des supérieurs d'un fonctionnaire, que celui-ci se trouve dans la situation prévue aux articles L. 822-6 à L. 822-11 ou aux articles L. 822-12 à L. 822-17 du code général de la fonction publique, il saisit le conseil médical pour avis et en informe le médecin du travail du service de médecine préventive attaché à la collectivité ou l'établissement dont relève le fonctionnaire concerné qui transmet un rapport au conseil médical.

Pour bénéficier d'un congé de longue maladie ou de longue durée le fonctionnaire en position d'activité, ou son représentant légal, doit adresser à l'autorité territoriale une demande appuyée d'un certificat d'un médecin spécifiant qu'il est susceptible de bénéficier des dispositions des articles L. 822-6 à L. 822-11 ou des articles L. 822-12 à L. 822-17 du code général de la fonction publique.

Le médecin adresse au président du conseil médical un résumé de ses observations et toute pièce justificative de l'état de santé du fonctionnaire

Si la demande de congé est présentée au cours d'un congé antérieurement accordé dans les conditions prévues aux articles L. 822-1 à L. 822-3 de ce même code, la première période de congé de longue maladie ou de longue durée part du jour de la première constatation médicale de la maladie dont est atteint le fonctionnaire.

Le congé de longue maladie ou le congé de longue durée peut être accordé ou renouvelé, dans la limite de six mois, sur présentation d'un avis médical établi selon les modalités fixées par le deuxième alinéa de l'article 15.

Pour obtenir le renouvellement de son congé, le fonctionnaire adresse à l'autorité territoriale un certificat médical indiquant que le congé initialement accordé doit être prolongé ainsi que la durée de cette prolongation conformément aux limites de durée précitées.

Lorsque le congé est accordé dans les conditions définies à l'article 24, l'autorité territoriale fait procéder à l'examen médical de l'intéressé par un médecin agréé à l'issue de chaque période de congé et à l'occasion de chaque demande de renouvellement.

L'autorité territoriale fait procéder à l'examen médical du fonctionnaire par un médecin agréé au moins une fois par an. Le fonctionnaire est informé de cet examen médical de façon certaine par courrier recommandé avec accusé de réception. Le fonctionnaire se soumet à cet examen sous peine d'interruption du versement de sa rémunération jusqu'à ce que cet examen soit effectué.

L'autorité territoriale peut faire procéder au contrôle administratif de l'arrêt de travail du fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée par toute personne dûment habilitée à cet effet.

Ce contrôle porte sur la présence du fonctionnaire à son domicile, ou à son lieu de repos s'il est différent, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire déterminées selon les modalités prévues à l'article R. 323-11-1 du code de la sécurité sociale.

L'absence injustifiée du fonctionnaire ou le refus du contrôle entraine l'interruption du versement de sa rémunération jusqu'à la date de fin de cet arrêt.

Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.

Lorsque la période de congé vient à expiration, le fonctionnaire ne continue à percevoir le traitement ou le demi-traitement que s'il a présenté la demande de renouvellement de son congé. Le fonctionnaire qui percevait une indemnité de résidence au moment où il est mis en congé en conserve le bénéfice intégral s'il continue à résider dans la localité où il habitait avant sa mise en congé, ou si son conjoint ou ses enfants à charge continuent d'y résider.

Lorsqu'il y a changement de résidence, l'indemnité de résidence à laquelle a droit le fonctionnaire en congé de longue maladie ou de longue durée, et qui ne peut être supérieure à celle qu'il percevait lorsqu'il exerçait ses fonctions, est la plus avantageuse des indemnités afférentes aux localités où le fonctionnaire, son conjoint ou ses enfants à charge résident habituellement depuis la mise en congé.

Lorsque le fonctionnaire territorial mis en congé de longue maladie ou de longue durée bénéficie d'un logement dans un immeuble de l'administration, il doit quitter les lieux si sa présence fait courir des dangers au public ou à d'autres agents, ou est incompatible avec la bonne marche du service.

Le bénéficiaire d'un congé de maladie de longue maladie ou de longue durée doit cesser toute activité rémunérée à l'exception des activités ordonnées et contrôlées médicalement par le médecin du travail au titre de la réadaptation et des activités mentionnées à l'article L. 123-2 du code général de la fonction publique.

En cas de non-respect de cette obligation, l'autorité territoriale procède à l'interruption du versement de la rémunération et prend les mesures nécessaires pour faire reverser les sommes perçues depuis cette date au titre du traitement et des accessoires.

La rémunération est rétablie à compter du jour où l'intéressé a cessé toute activité rémunérée non autorisée.

Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.

Le fonctionnaire en congé de longue maladie ou de longue durée informe l'autorité territoriale de tout changement de domicile, sauf cas d'hospitalisation, de toute absence de son domicile supérieure à deux semaines. Il informe l'autorité territoriale de ses dates et lieux de séjour.
A défaut, le versement de la rémunération du fonctionnaire peut être interrompu.
Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.

Le temps passé en congé, de maladie, de longue maladie ou de longue durée avec traitement ou fraction de traitement ou pendant une période durant laquelle le versement du traitement a été interrompu en application des articles 29 et 34 du présent décret est valable pour l'avancement à l'ancienneté et entre en ligne de compte dans le minimum de temps valable pour pouvoir prétendre au grade supérieur. Il compte également pour la détermination du droit à la retraite et donne lieu au versement de retenues et contributions à la Caisse nationale de retraites.

A l'exception des situations prévues aux 3° et 4° du I de l'article 5 du présent décret, la reprise des fonctions du bénéficiaire d'un congé de longue maladie ou de longue durée à l'expiration ou au cours de ce congé intervient à la suite de la transmission par l'intéressé à l'autorité territoriale d'une certificat médical d'aptitude à la reprise.

Au cours de toute interruption de travail pour raison de santé dépassant trente jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, peut solliciter le médecin du travail, pour préparer et étudier, le cas échéant, les conditions et les modalités de la reprise du travail ou envisager des actions de formation. Le fonctionnaire est assisté durant cette phase par une personne de son choix.

Sous réserve d'avoir obtenu l'avis favorable du médecin agréé, le fonctionnaire bénéficiant d'un congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétence afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. L'autorité territoriale se prononce sur cette demande dans un délai de trente jours.

Dans les situations prévues aux 3° et 4° du I de l'article 5, lorsqu'au vu de l'avis du conseil médical, le fonctionnaire est reconnu apte à exercer ses fonctions, il reprend celles-ci.

Si, au vu de l'avis prévu ci-dessus, le fonctionnaire est reconnu inapte à exercer ses fonctions, le congé continue à courir ou, s'il était au terme d'une période, est renouvelé. Il en est ainsi jusqu'au moment où le fonctionnaire sollicite l'octroi de l'ultime période de congé rétribuée à laquelle il peut prétendre.

Le conseil médical doit alors donner son avis sur la prolongation du congé et sur la présomption d'inaptitude du fonctionnaire à reprendre ses fonctions.

S'il y a présomption d'inaptitude définitive, le conseil médical en formation plénière se prononce également sur l'application de l'article 37 ci-dessous.

Tout fonctionnaire bénéficiant d'un congé de longue maladie ou de longue durée doit, sous peine d'interruption du versement de sa rémunération, se soumettre aux visites de contrôle prescrites par le médecin agréé ou le conseil médical.

Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé.

Le refus répété et sans motif valable de se soumettre au contrôle prévu à l'alinéa 1er peut entraîner, après mise en demeure, la perte du bénéfice du congé de longue maladie ou de longue durée.

L'examen médical du fonctionnaire bénéficiant d'un congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut être effectué à distance, au moyen d'un dispositif utilisant les technologies de l'information et de la communication. Cet examen respecte les conditions prévues aux articles R. 6316-2 à R. 6316-5 du code de la santé publique.

Le fonctionnaire territorial qui, à l'expiration d'un congé de longue maladie ou de longue durée, refuse le poste qui lui est assigné, sans justifier d'un motif valable lié à son état de santé, peut être licencié après avis de la commission paritaire.

Le fonctionnaire ne pouvant, à l'expiration de la dernière période de congé de longue maladie ou de longue durée, reprendre son service, est reclassé dans un autre emploi en application du décret du 30 septembre 1985 susvisé ou admis à bénéficier d'un dispositif de période préparatoire au reclassement.
A défaut, il est soit mis en disponibilité, soit admis à la retraite après avis du conseil médical compétent.
Pendant toute la durée de la procédure requérant l'avis du conseil médical, le paiement du demi-traitement est maintenu jusqu'à la date de la décision de reprise de service ou de réintégration, de reclassement, de mise en disponibilité ou d'admission à la retraite.