Dans chaque région le préfet de région dirige les actions de l'Etat dans le domaine de l'eau.

Il coordonne les responsabilités de l'Etat en matière de police et de gestion des ressources en eau ainsi que pour l'élaboration dans chaque département des cartes d'objectifs de qualité, des schémas d'aménagement des eaux et des schémas de vocation piscicole.