Les autorisations peuvent être retirées à titre temporaire ou définitif lorsque des manquements graves ou répétés à la réglementation des transports, du travail et de la sécurité sont commises par l'entreprise ou ses préposés.
Le retrait des autorisations est prononcé par le Préfet de région, après avis du comité des sanctions administratives du comité régional des transports.