Le conseil est présidé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, ou son représentant. Le président participe aux travaux du conseil sans prendre part aux votes.

Le président de l'Observatoire de Paris, les directeurs de l'Institut de physique du Globe de Paris, de l'observatoire de la Côte d'Azur, des observatoires des sciences de l'Univers et de l'institut de mécanique céleste et de calcul des éphémérides assistent aux séances du conseil et des sections qui les concernent, avec voix délibérative s'ils sont membres du conseil, avec voix consultative dans le cas contraire.

Les directeurs des autres établissements où sont affectés des membres des corps mentionnés à l'article premier peuvent participer dans les mêmes conditions à ces séances, à la demande du président du conseil.

Le directeur de l'Institut national des sciences de l'univers participe, avec voix consultative, aux séances plénières du conseil et aux séances de sections.