Le secrétaire général du conseil est assisté de deux secrétaires généraux adjoints, nommés par arrêté du ministre chargé de l'équipement, sur proposition du vice-président, et choisis parmi les membres permanents du conseil en position normale d'activité.

Chaque président de section est assisté d'un secrétaire, choisi parmi les fonctionnaires de catégorie A visé à l'article 3, alinéas 1, 3 et 4, et nommé par décision du vice-président du conseil.