La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion effectuée selon les règles du droit privé, à l'exception des deux hypothèses suivantes :

• lorsque le contrat constitutif du groupement prévoit des dispositions particulières ;
• lorsque des personnes morales de droit public constituent exclusivement le groupement.

Dans ces deux hypothèses, les dispositions du décret du 29 décembre 1962 susvisé relatives aux établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable sont applicables. L'agent comptable du groupement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget.