Un secrétariat est mis à la disposition du comité par le ministre chargé de l'enseignement supérieur. Il est dirigé par un délégué général éventuellement assisté d'un adjoint, placés sous l'autorité du président du comité et nommés sur sa proposition par le ministre chargé de l'enseignement supérieur. Le président du comité peut leur déléguer sa signature.