Les fonctions de directeur de l’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules sont exercées par le directeur scientifique responsable du département qui regroupe au Centre national de la recherche, scientifique les disciplines relatives à la physique nucléaire et à la physique des particules. Ce dernier reçoit délégation de pouvoir du directeur général du Centre national de la recherche scientifique aux fins de gestion de l’institut, de représentation du Centre national de la recherche scientifique dans tous les actes ressortissant à la mission de l’institut.
Il est en particulier chargé de la préparation et de l’exécution du budget de l’institut.

Il peut déléguer sa signature.