La mission systèmes d'information est chargée, en liaison avec la mission informatique du ministère de l'urbanisme et du logement, de coordonner la gestion des réseaux automatisés de recueil de l'information, d'animer la mise en place des banques de données sur l'environnement, et d'assurer les concertations nécessaires pour le développement des applications de l'informatique au sein du secrétariat d'Etat à l'environnement et à la qualité de la vie ainsi que des organismes placés sous sa tutelle.
Elle est également chargée, en liaison avec la mission interministérielle de l'information scientifique et technique, de l'organisation de l'information et de la documentation à caractère scientifique et technique sur l'environnement.