Le président de l'institut est responsable de la politique générale de l'institut. Il en assure la direction scientifique, administrative et financière, il gère le personnel.

Le président de l'institut est nommé pour quatre ans par décret en conseil des ministres, sur proposition du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la coopération et du développement. Ses fonctions sont renouvelables une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel, et l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article 9.

II assure, en liaison avec les départements ministériels concernés, les relations de l'établissement avec les partenaires nationaux et étrangers ainsi qu'avec les organisations internationales intervenant dans son domaine d'activité.

Il prépare et met en œuvre les délibérations du conseil d'administration.

Il arrête notamment les projets de programmes généraux de recherche préparés avec le concours du conseil scientifique et détermine les moyens nécessaires à leur réalisation.

Il nomme les représentants de l'institut dans les départements d'outre-mer, dans les collectivités d'outre-mer et en Nouvelle-Calédonie, dans les pays étrangers et auprès des organismes internationaux.

Il représente l'institut en justice et passe tous actes, contrats ou marchés, et notamment les contrats internationaux. Il procède à toutes acquisitions, tous dépôts ou cessions de brevets ou licences.

Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.

Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux directeurs généraux délégués et à d'autres agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité, un département ou un service de l'établissement ou dans une unité commune avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.

Il peut déléguer sa signature.

La commission d'examen des candidatures mentionnée à l'article 8 est composée de quatre ou six personnalités choisies en raison de leur compétence dans les domaines d'activités de l'établissement, parmi lesquelles un président, nommées par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la coopération et du développement. Elle comprend un nombre égal de femmes et d'hommes.

Après examen des dossiers de candidature transmis à chacun de ses membres par le ministre chargé de la recherche et le ministre chargé de la coopération et du développement, la commission sélectionne les candidats qu'elle auditionnera, dans la limite de six. En cas de partage des avis sur le choix de ces candidats, la voix du président de la commission est prépondérante. La commission transmet un rapport écrit motivant l'avis porté sur chacun des candidats auditionnés au ministre chargé de la recherche et au ministre chargé de la coopération et du développement afin d'éclairer leur choix.

La liste des candidats, les dossiers de candidature et les débats de la commission sont confidentiels.

Le mandat des membres de la commission cesse de plein droit à compter de la date de nomination du président de l'institut.

Les membres de la commission exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Le secrétaire général est nommé par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la coopération et du développement, sur proposition conjointe du président du directeur général.
Il assiste le directeur général dans la gestion administrative et financière de l'institut.

L'institut dispose d'unités de recherche et d'unités de service.

Une unité de recherche est un regroupement temporaire de personnels qui relèvent de l'institut ou d'un organisme extérieur à celui-ci pour mener à bien un projet scientifique déterminé soumis à évaluation.

Une unité de service est un regroupement de personnels qui relèvent de l'institut ou d'un organisme extérieur à celui-ci pour assurer la mise en oeuvre, la coordination et la gestion déconcentrée des activités scientifiques et techniques de l'établissement.

Les unités de recherche et les unités de service sont créées, modifiées ou supprimées par décision du président de l'institut prise après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique et le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires. Elles sont dotées d'instances consultatives où sont représentés leurs personnels, selon des modalités précisées par le règlement intérieur de l'institut.

Le directeur d'une unité de recherche ou d'une unité de service est nommé par le président de l'institut, après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique et le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires, pour une durée qui ne peut excéder cinq ans ; il ne peut exercer cette fonction au-delà de dix ans.

Le président de l'institut peut mettre fin aux fonctions d'un directeur d'unité après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique et le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires s'il estime que son maintien est de nature à compromettre le fonctionnement de l'unité. En cas d'urgence, et le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires, il peut suspendre son mandat préalablement à la saisine de ces instances. Il est alors tenu de les saisir lors de leur plus prochaine séance.

L'institut peut comporter des départements scientifiques regroupant des unités de recherche et de service, ayant notamment pour objet de favoriser l'accomplissement de ses missions et le développement de ses actions de partenariat avec les établissements d'enseignement supérieur et les autres établissements de recherche par grands secteurs d'activité. Leur nombre, leur nature et leurs modalités de fonctionnement sont arrêtés par le conseil d'administration, sur proposition du président de l'institut et après avis du conseil scientifique.

Les directeurs de département scientifique sont nommés par le président de l'institut, après avis du conseil scientifique. La durée maximale de leur mandat est de cinq ans, renouvelable une fois. Leur fonction n'est pas compatible avec celle de membre du conseil d'administration, du conseil scientifique ou d'une commission scientifique ou de gestion de la recherche et de ses applications.

Ils assurent l'animation scientifique de leur département et veillent au développement de collaborations entre les départements.

Le conseil scientifique est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique.

Il donne son avis sur les grandes orientations de la politique scientifique de l'institut et notamment sur ses programmes de recherche scientifique et technologique, ainsi que sur les programmes exécutés en coopération avec d'autres organismes de recherche. Il donne son avis sur les activités de valorisation, d'information et de formation, sur les principes communs d'évaluation des unités et des personnels de recherche, ainsi que sur toute question qui lui est soumise par le président de l'institut.

Il est consulté sur la création, la modification ou la suppression des départements scientifiques et la nomination de leurs directeurs, et, après consultation des commissions compétentes, sur la création, la modification ou la suppression des unités de recherche et des unités de service de l'institut et la nomination de leurs directeurs.

Le conseil scientifique comprend au moins 50 % de membres extérieurs à l'établissement. Il doit comprendre des personnalités étrangères. Il est composé en nombre égal de membres nommés conjointement par les ministres chargés de la tutelle de l'établissement et de membres élus par les personnels de l'IRD et par les personnels associés aux activités de l'institut. Le mandat de ses membres est d'une durée de quatre ans, non immédiatement renouvelable. Le conseil élit son président en son sein.

Le conseil se réunit au moins deux fois par an sur convocation du président de l'institut, qui fixe l'ordre du jour en concertation avec le président de cette instance. Ce dernier peut inscrire des points complémentaires à cet ordre du jour à son initiative ou à celle du quart au moins de ses membres.

Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus à leur demande par le conseil scientifique.

Le président du conseil scientifique peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, des personnalités choisies en raison de leur compétence.

Un arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut fixe la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique ainsi que les modalités de désignation de ses membres et de son président.

Des commissions scientifiques représentatives d'un secteur de la recherche participent à l'évaluation des travaux et des programmes dans leur domaine de compétence sans préjudice des dispositions des articles 11,13 et 14 du décret n° 2006-1334 du 3 novembre 2006 relatif à l'organisation et au fonctionnement de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.

Elles contribuent à la réflexion du conseil scientifique sur la politique scientifique de l'institut.

Ces commissions scientifiques sectorielles sont consultées, dans leur domaine de compétence, sur la création, la modification ou la suppression des unités de recherche de l'institut et la nomination de leurs directeurs. Le conseil d'administration peut décider de confier l'organisation des évaluations des unités de recherche à l'instance mentionnée à l'article L. 114-3-1 du code de la recherche dans les conditions prévues au 2° de cet article, ou demander à cette instance de s'assurer de la qualité des évaluations conduites par ces commissions en validant la procédure qu'elles proposent.

Elles donnent leur avis sur toute question qui leur est soumise par le président de l'institut.

Les commissions scientifiques sectorielles comprennent au moins 50 % de membres extérieurs à l'établissement. Elles peuvent comprendre des personnalités étrangères. Elles sont créées par le conseil d'administration sur proposition du président de l'institut, après avis du conseil scientifique. Elles sont composées de membres nommés par le président de l'institut et, en nombre égal, de membres élus par les personnels de l'IRD et par les personnels associés aux activités de l'institut. Le mandat de leurs membres est d'une durée de quatre ans, non renouvelable dans l'une quelconque des commissions de la mandature suivante. Elles élisent leur président en leur sein.

Elles se réunissent au moins deux fois par an sur convocation du président de l'institut qui fixe l'ordre du jour. Le président d'une commission peut inscrire des points complémentaires à cet ordre du jour à son initiative ou à celle du quart au moins de ses membres.

Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus à leur demande par les commissions scientifiques sectorielles.

Le président d'une commission scientifique sectorielle peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, des personnalités choisies en raison de leur compétence.

Un arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut fixe la composition et les règles de fonctionnement des commissions scientifiques sectorielles ainsi que les modalités de désignation de leurs membres et de leur président.

Une ou des commissions de gestion de la recherche et de ses applications participent à l'évaluation des activités techniques, administratives et de transfert de l'institut. Elles sont créées par le conseil d'administration sur proposition du président de l'institut, après avis du conseil scientifique.

Elles ont, dans leur domaine de compétence, les mêmes attributions que les commissions scientifiques sectorielles.

Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus à leur demande par les commissions de gestion de la recherche et de ses applications.

Elles sont consultées sur la création, la modification ou la suppression des unités de service de l'institut et sur la nomination de leurs directeurs.

Un arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut fixe la composition et les règles de fonctionnement des commissions de gestion de la recherche et de ses applications ainsi que les modalités de désignation de leurs membres et de leur président.

Nul ne peut appartenir simultanément à deux des instances mentionnées aux articles 13 à 15 du présent décret ni successivement à plus de deux de ces instances.