Dans le cadre des orientations générales données par le ministre chargé de la défense et compte tenu de la politique scientifique proposée par le Haut Conseil scientifique de l’O.N.E.R.A., les programmes de recherches et d’études et les programmes d’investissements techniques sont préparés par le président de l’office, avec le directeur des recherches, études et techniques du ministère chargé de la défense en y associant les services et organismes concernés, et notamment ceux de la direction générale de l’aviation civile.
Le comité scientifique et technique de l’office est consulté sur ces projets qui sont ensuite soumis à l’approbation du conseil d’administration.
Le ministre chargé de la défense arrête les programmes et les notifie au président de l’office.