Les ressources de l'institut sont constituées par des subventions de l'Etat et des ressources propres résultant notamment d'accords passés avec des établissements publics ou privés français, étrangers ou internationaux.
L'institut peut percevoir également une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie ayant pour objet le financement d'actions de recherche en santé dans le cadre de thématiques définies avec le ministre chargé de la santé. Le montant, les orientations, les modalités de mise en œuvre de cette dotation et sa durée sont fixés par arrêté des ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget.

L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, sous réserve des dispositions du décret n° 2002-252 du 22 février 2002 relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.