Le secrétaire général est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé, sur proposition du directeur général de l'institut.

Il assiste le directeur général dans ses fonctions et à ce titre :

1° Il coordonne l'activité des services ;

2° Il assure la direction des services administratifs et financiers ;

3° Il a autorité sur les administrateurs délégués régionaux ;

4° Il peut recevoir délégation de pouvoir du directeur général en matière de gestion du personnel, ainsi que pour représenter l'Institut national de la santé et de la recherche médicale dans les actes de la vie civile, ester en justice, engager, liquider et ordonnancer les dépenses, signer les marchés.