Le conseil d'administration arrête les comptes annuels de l'établissement public et les transmet aux ministres chargés des transports, de l'économie et du budget. Il approuve également le compte de résultat des activités de transports ferroviaires de marchandises.
Les comptes annuels sont approuvés selon les modalités de droit commun applicables aux établissements publics à caractère industriel et commercial.