L'agence coordonne certaines opérations administratives, financières et comptables menées par les organismes d'intervention créés en application de la loi n° 82-847 du 6 octobre 1982 ainsi que par l'office national interprofessionnel des céréales, le fonds d'intervention et de régularisation du marché du sucre et la société interprofessionnelle des oléagineux.

A cet égard, elle assure :

1° Les relations avec le fonds européen d'orientation et de garantie agricole (F.E.O.G.A.) en ce qui concerne :

a) La centralisation des opérations financières, dans le cadre des procédures d'avance et de remboursement ;

b) L'harmonisation, en liaison avec les organismes interministériels compétents, des conditions d'application par les offices des règlements communautaires ;

c) La mise en état d'examen des comptes d'apurement.

2° L'inspection des opérations menées dans le cadre de la réglementation communautaire.

En outre, elle participe à la gestion administrative des personnels dans les conditions fixées par le statut commun prévu à l'article 2 de la loi n° 82-847 du 6 octobre 1982.

L'agence a également pour mission de mettre à la disposition des organismes d'intervention dans le secteur agricole des services d'intérêt commun, notamment pour la gestion de matériels informatiques. A ce titre, l'agence passe convention avec chaque office.