Le conseil national de l'alimentation dispose d'un secrétariat permanent. Le secrétaire et le secrétaire adjoint sont nommés par arrêté conjoint des ministres de la santé et de la sécurité sociale et de l'agriculture. Ils sont placés sous l'autorité conjointe de ces deux ministres et s'appuient pour exercer leur mission sur les services compétents des deux ministères.