Le secrétaire général du comité interministériel est nommé par décret. Il est chargé de préparer les délibérations du comité, de lui proposer les mesures nécessaires à l'accomplissement de sa mission et de suivre l'application des décisions prises.
Il est plus généralement chargé, sous l'autorité du Premier ministre, de vérifier l'application des mesures destinées à assurer la sécurité nucléaire et peut, à ce titre, prescrire tout contrôle ou inspection réglementaire et en suivre l'exécution.
Il provoque en cas d'urgence la réunion des ministres intéressés et prend le cas échéant les mesures nécessaires après concertation avec leurs représentants. Il en rend compte au comité.
Dans le cadre des directives adoptées par le comité, et après concertation avec les départements intéressés, il informe le public des questions de ce domaine communes à plusieurs départements.
Les services compétents des différents ministères ainsi que les établissements ou entreprises qui en relèvent lui prêtent leur concours.
Le secrétariat des différents organismes interministériels consultatifs relevant de ce domaine et notamment celui de la commission interministérielle des installations nucléaires de base et de la commission interministérielle des radioéléments artificiels travaillent en liaison avec lui.