L'école nationale de la magistrature est soumise au contrôle financier institué par le décret du 25 octobre 1935.
Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre de l'économie et des finances, exerce le contrôle du fonctionnement financier de l'établissement.
Ses attributions sont définies conjointement par arrêté du garde des Sceaux, ministre de la justice et du ministre de l'économie et des finances.