L'avis formulé par la Cour des comptes en cas de seconde vérification est adressé par le procureur général au ministre de tutelle ainsi qu'au ministre de l'économie et des finances. Il est notifié en même temps au président du conseil d'administration de l'organisme. Quand la demande de seconde vérification a été présentée par un agent de direction ou par l'agent comptable de l'organisme, l'avis est également notifié à cet agent.
Les ministres de tutelle, seuls compétents pour statuer, au vu de cet avis, sur l'approbation des comptes, doivent porter leur décision à la connaissance de la cour par l'intermédiaire du procureur général. Cette décision mentionne, s'il y a lieu, les raisons pour lesquelles les réserves formulées par la cour ont été levées ou pour lesquelles son avis n'a pas été suivi.