Le centre est administré par un conseil d'administration et un directeur général. Leurs attributions respectives sont fixées par les articles ci-dessous.

Le conseil d'administration est composé d'un président, désigné par décret en conseil des ministres sur proposition du ministre de l'agriculture, et de vingt autres membres nommés par le ministre de l'agriculture :
a) Dix, représentant l'administration :
Un représentant du Premier Ministre (délégation à l'aménagement du territoire et à l'action régionale) ;
Cinq représentants du ministre de l'agriculture ;
Deux représentants du ministre de l'économie et des finances ;
Un représentant du ministre des affaires sociales ;
Un membre du Conseil d'Etat ou de la Cour des comptes ou de l'inspection des finances.
b) Dix, représentant la profession agricole sur proposition :
De la fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles ;
Du centre national des jeunes agriculteurs ;
De l'assemblée permanente des présidents de chambres d'agriculture ;
De la confédération nationale de la mutualité, du crédit et de la coopération agricole ;
Du comité spécial des mutations professionnelles ci-après institué.
Participent aux travaux du conseil avec voix consultative : deux personnalités désignées par le ministre de l'agriculture en raison de leur compétence particulière en matière de structures des exploitations agricoles, le directeur général du centre, le Commissaire du Gouvernement, le Contrôleur d'Etat, l'agent comptable et un représentant de chacun des ministres dans les attributions desquels rentrent certaines des questions figurant à l'ordre du jour du conseil d'administration et qui auront, pour ce motif, demandé à se faire représenter au conseil.
Le président, les membres autres que ceux représentant les ministres, ainsi que les personnalités sont nommés pour une durée de trois ans.
Lorsque le conseil d'administration a perdu l'un de ses membres, par suite de décès, de démission ou pour toute autre cause, ou lorsqu'un membre cesse en cours de mandat d'exercer les fonctions en raison desquelles il a été nommé, il est pourvu à son remplacement dans un délai de trois mois. Le nouveau membre, s'il remplace un membre du conseil nommé pour une durée déterminée, reste en fonctions jusqu'à la date d'expiration normale du mandat de celui qu'il remplace.
Le président du conseil d'administration reçoit une indemnité de fonctions dont le montant est fixé par le ministre de l'agriculture en accord avec le ministère de l'économie et des finances.
Les membres du conseil d'administration n'ayant pas la qualité de fonctionnaires bénéficient d'indemnités correspondant aux frais de déplacement et de séjour effectivement supportés par eux à l'occasion des réunions du conseil, sur la base des taux des fonctionnaires appartenant au groupe I.
Les représentants de l'administration sont pourvus chacun d'un suppléant nommé à titre permanent.

Le conseil d'administration se réunit sur la convocation de son président aussi souvent qu'il est nécessaire.
La convention du conseil d'administration est de droit si elle est demandée par la moitié au moins de ses membres ou par le ministre de l'agriculture.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si le nombre des membres présents est supérieur à la moitié du nombre des membres en exercice : les décisions sont prises à la majorité des voix des membres présents, la voix du président étant prépondérante en cas de partage.
Le conseil d'administration délibère sur les questions qui lui sont soumises par le président.
Le président fixe l'ordre du jour après avis du directeur général.

Avant d'être examinés par le conseil d'administration, les problèmes ressortissant aux actions qui concernent les mutations professionnelles sont soumis pour avis à un comité, dit comité des mutations professionnelles.
Le comité des mutations professionnelles est présidé par le président du conseil d'administration du centre et composé de membres nommés par arrêté du ministre de l'agriculture, moitié sur proposition des membres déjà nommés du conseil d'administration, moitié après consultation des organisations représentatives des employeurs des professions non agricoles, des cadres et autres salariés de professions agricoles et des professions non agricoles et des artisans.
Un arrêté du ministre de l'agriculture précise la composition du comité, dont l'effectif ne saurait être supérieur à 24, ainsi que les conditions de son fonctionnement. Une commission permanente ayant la même compétence que le comité peut être créée par le ministre de l'agriculture.
Les dispositions relatives aux frais de mission et de séjour des membres du conseil d'administration sont applicables aux frais de mission et de séjour des membres du comité spécial des mutations professionnelles.

Dans le cadre des instructions ministérielles données au centre et auxquelles celui-ci est tenu de se conformer, le conseil d'administration définit les conditions dans lesquelles sont accomplies les missions confiées au centre par le présent décret : le directeur général assume la responsabilité de l'exécution de ces missions. Dans le même cadre, il définit la politique générale du centre et, sous réserve des dispositions de l'article 18, sur proposition du directeur général, l'organisation générale du centre et les programmes d'action. Il suit l'exécution des conventions prévues à l'article 3 qui ont été soumises au ministre et approuvées par lui.
Sont obligatoirement soumis à l'approbation du conseil d'administration :
Le règlement intérieur du conseil ;
Le budget de l'établissement et des décisions modificatives ;
Le compte financier ;
Les emprunts ;
Les prises, cessions ou extensions de participations financières ;
Les programmes annuels et pluriannuels d'action présentés par le directeur ;
Le rapport annuel d'exécution ;
Les acquisitions et aliénations de biens immobiliers ;
Les baux et locations d'immeubles d'une durée excédant neuf années ;
L'acceptation des dons et legs ;
Les conventions comportant de la part du centre un engagement financier dont la valeur excède un montant fixé par arrêté concerté du ministre de l'agriculture et du ministre de l'économie et des finances.
Les délibérations relatives à l'établissement et aux modifications du budget, sous réserve des dispositions de l'avant-dernier alinéa de l'article 13 ci-dessous, ainsi que celles relatives au compte financier, aux emprunts, aux prises, aux extensions, et aux cessions de participations financières, aux acquisitions et aliénations de biens immobiliers ne sont exécutoires que si elles ont été approuvées par arrêté concerté du ministre de l'agriculture et du ministre de l'économie et des finances.

La direction du centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles est confiée à un directeur général, nommé par décret en conseil des ministres, sur proposition du ministre de l'agriculture.
Sa rémunération est fixée par décision concertée du ministre de l'agriculture et du ministre de l'économie et des finances.
Le directeur général prépare les réunions du conseil d'administration et du comité des mutations professionnelles. Il applique les décisions du conseil d'administration et lui rend compte de leur exécution. Il assure le fonctionnement du service de l'établissement.
Il exerce son autorité sur l'ensemble du personnel du centre et procède au recrutement et au licenciement de tous les agents.
Il représente le centre en justice et dans les actes de la vie civile.
Il est ordonnateur principal des recettes et des dépenses de l'établissement.
Il engage les dépenses, passe les contrats, baux et marchés et, sous réserve des exceptions prévues au présent décret, liquide les droits et charges de l'établissement ; il émet les ordres de recettes et de dépenses.

Le statut et le régime de retraite des personnels du Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles sont fixés par décret pris sur le rapport du ministre d'Etat chargé de la réforme administrative, du ministre de l'agriculture et du ministre de l'économie et des finances après avis du conseil d'administration.
Un décret, pris sur les mêmes rapports et qui devra intervenir avant le 1er janvier 1967, détermine les conditions du réemploi des personnels de l'association nationale pour les mutations professionnelles en agriculture, de l'association nationale de migration et d'établissements ruraux et des syndicats de migrations rurales.