L'inspecteur général des établissements administratifs et scolaires de la marine marchande est chargé, sous l'autorité directe du ministre, d'une mission permanente d'inspection et de contrôle des services administratifs des écoles nationales de la marine marchande et éventuellement des écoles d'apprentissage maritime ainsi que des installations immobilières affectées au fonctionnement des services de la marine marchande (inscription maritime, établissements d'enseignement et d'apprentissage maritime, institut scientifique et technique des pêches maritimes) lorsque les immeubles considérés appartiennent en tout ou en partie à l'Etat ou sont détenus par lui à quelque titre que ce soit.
II a auprès de la direction de l'administration générale et des gens de mer un rôle d'information et de conseil dans les matières de sa compétence.
L'inspecteur général peut en outre être chargé par le ministre de missions particulières selon les besoins du service.