Un commissaire du Gouvernement désigné par le ministre de l'agriculture assiste aux délibérations du comité et de son bureau. Il s'assure de l'exécution de la mission confiée au comité. Il dispose des mêmes pouvoirs d'investigation sur pièces et sur place qu'un contrôleur d'Etat. Il peut s'opposer aux décisions prises par le comité ou le bureau. Il ne peut être passé outre à cette opposition que si celle-ci est levée par le ministre de l'agriculture.