Sous l'autorité du directeur général, un agent comptable assure le fonctionnement des services de comptabilité du centre.

L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre des finances. Il a la qualité de comptable public. Il est chargé, sous sa responsabilité personnelle et pécuniaire, de la perception des recettes, du paiement des dépenses, de la caisse et du portefeuille. Il tient, sous l'autorité du directeur général, la comptabilité générale et, s'il y a lieu, la comptabilité analytique d'exploitation. Il est responsable de la sincérité des écritures. Sa gestion est soumise aux vérifications de l'inspection générale des finances et ses comptes à la juridiction de la cour des comptes.