Un règlement adopté par le conseil d'administration sur proposition du directeur général fixe les modalités de constitution et de fonctionnement d'une commission consultative des marchés.

Le règlement est soumis à l'approbation du ministre chargé des transports et du ministre chargé du budget. L'approbation est réputée acquise, à défaut d'opposition de leur part, dans un délai de deux mois à compter de la date de leur saisine.

Des régies d'avances ou des régies de recettes peuvent être instituées par le directeur général après avis de l'agent comptable dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992.

Avec l'accord du ministre chargé du budget , le directeur général peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable et dans la limite des crédits approuvés, certaines menues dépenses. Ces dépenses sont payées, soit directement par l'agent comptable, soit sous sa responsabilité, par certains agents de Voies navigables de France désignés, avec son accord, par le directeur général. L'agent comptable est tenu de justifier, chaque mois, des dépenses effectuées. Au vu des justifications produites, le directeur général émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.

Des avances peuvent être consenties, dans les conditions fixées par le conseil d'administration avec l'accord du membre du corps du contrôle général économique et financier, aux personnels de Voies navigables de France, ainsi qu'aux personnes, sociétés ou organismes mandatés par l'établissement pour opérer pour son compte, aux entrepreneurs et aux fournisseurs.

Le mode de justification de ces avances est déterminé par le règlement financier.

Les pièces justificatives de recettes et de dépenses sont conservées dans les archives de l'agent comptable pendant six ans à partir de la date de clôture de l'exercice au cours duquel elles ont été établies.