Les charges de l'office sont acquittées par l'agent comptable sur l'ordre donné par le directeur ou après avoir été acceptées par ce dernier.
Les ordres de paiement sont appuyés des pièces justificatives nécessaires, et notamment des mémoires, factures, marchés, baux ou conventions.
L'acceptation de la dépense revêt la forme soit d'une mention datée et signée apposée sur le mémoire, la facture ou toute autre pièce en tenant lieu, soit d'un certificat séparé d'exécution de service, l'un ou l'autre précisant que le règlement peut être valablement opéré pour la somme indiquée.

Dans le cas d'insuffisance de crédit, d'erreur ou d'irrégularité concernant l'imputation de la dépense, l'ordre de paiement, l'acceptation ou les justifications produites à l'appui ou si la validité de la créance lui paraît contestable, l'agent comptable doit, sous sa responsabilité, surseoir au paiement et en aviser immédiatement le directeur et le contrôleur d'Etat.
Le directeur peut, sous sa responsabilité personnelle, et après avoir informé de son intention le contrôleur d'Etat et le président du conseil d'administration, donner à l'agent comptable l'ordre de payer.Dans ce cas, sauf opposition du contrôleur d'Etat, l'agent comptable procède au règlement, annexe l'ordre de payer à l'acquit correspondant et rend compte au ministre de l'économie et des finances par une lettre dont il remet copie au directeur.
En cas d'opposition du contrôleur d'Etat le paiement ne peut avoir lieu que s'il est autorisé par le ministre de l'économie et des finances.

Les règlements effectués par l'agent comptable sont considérés comme libératoires s'ils sont effectués par remise d'espèces, de chèque ou de titre de paiement payable à vue, à la personne qualifiée pour donner valablement quittance ou lorsqu'un compte bancaire ou postal ouvert au nom du créancier a été crédité par les soins de l'agent comptable du montant de la dette.

Toutes saisies-arrêts, oppositions, cessions, tous transports ou significations suspensives de paiement concernant les sommes dues par l'office doivent être faits entre les mains de l'agent comptable.

La responsabilité pécuniaire de l'agent comptable, à raison de l'exécution des dépenses qu'il est tenu de régler, est mise en cause si ayant reçu un ordre de paiement régulier, il ne peut établir que l'office est libéré de sa dette après expiration du délai nécessaire pour vérifier l'ordre et assurer son exécution.