Le payement des dépenses est assuré par l'agent comptable dans la limite des fonds disponibles de l'établissement.

Avant de viser ou de payer les mandats l'agent comptable doit s'assurer, sous sa responsabilité, que toutes les formalités prescrites par les lois et règlements ont été observées, que toutes les justifications sont produites et qu'il n'existe de ce point de vue aucune omission ou irrégularité matérielle, enfin que, par sa date et son objet, la dépense constitue une charge de l'exercice et de l'article sur lesquels le mandat est imputable.

Le visa ou le payement des mandats doit être suspendu par l'agent comptable dans les cas suivants :
1° Insuffisance des fonds disponibles de l'établissement ;
2° Absence ou insuffisance de crédit ouvert au budget ;
3° Absence de justification du service fait ;
4° Si le visa du contrôleur financier est nécessaire, défaut de visa ou visa avec observations non suivi d'une autorisation de mise en payement donnée par le ministre des finances ;
5° Oppositions dûment signifiées ;
6° Contestations relatives à la validité de la quittance ;
7° Omission ou irrégularité matérielle dans les pièces justificatives de la dépense ;
8° Non-observation des formalités prescrites par les lois et règlements;
9° Dépense ne constituant pas, par sa date et son objet, une charge de l'exercice, du chapitre ou de l'article sur lesquels le mandat est imputé.

Les motifs de tout refus de payement doivent être énoncés dans une déclaration écrite que l'agent comptable délivre immédiatement au porteur du mandat ou à l'ordonnateur s'il s'agit d'un refus de visa.

Dans le cas d'un refus fondé sur l'un des motifs énoncés à l'article 68, sous les numéros 7, 8 et 9, l'ordonnateur peut requérir par écrit, et sous sa responsabilité personnelle, qu'il soit passé outre au refus de visa ou de payement ; l'agent comptable vise et paye immédiatement et il annexe au mandat, avec une copie de la déclaration, l'original de la réquisition qu'il a reçue.
L'ordonnateur fait connaître immédiatement au ministre de tutelle les circonstances et les motifs qui ont nécessité de sa part l'application de cette mesure.
L'agent comptable informe le ministre des finances de la réquisition.

Le droit de réquisition accordé à l'ordonnateur ne peut jamais s'exercer quand le refus de payement de l'agent comptable est fondé sur l'un des six premiers motifs énoncés à l'article 68.

Avant de procéder au payement des mandats, l'agent comptable doit, sous sa responsabilité, s'assurer de l'identité des parties prenantes.
La quittance ne doit contenir ni restriction ni réserve.

Les payements à des héritiers, à des parties prenantes illettrées, a des mandataires et à des sociétés sont effectués dans les conditions prévues pour les payements de même nature à la charge de l'Etat.

Lorsqu'il s'agit de payements collectifs de traitements et salaires, les quittances individuelles sont données sur un état d'émargement. Si les payements ne peuvent être effectués au cours d'une même journée, le comptable en porte le montant au crédit d'un compte de tiers dont il suit l'apurement.

Les payements par chèque, par virement postal ou bancaire et par mandat-carte postal sont effectués dans les conditions prévues par les règlements et instructions en vigueur.

Toutes saisies-arrêts ou oppositions sur les sommes dues par l'établissement, toutes significations de cessions ou de transports de ces sommes, et toutes autres significations ayant pour objet d'en arrêter le payement, doivent être faites entre les mains de l'argent comptable.
Sont considérées comme nulles et non avenues toutes saisies-arrêts, oppositions ou significations faites à des personnes autres que l'agent comptable.

Le dépôt des sommes frappées de saisies-arrêts ou oppositions ne peut être effectué à la caisse des dépôts et consignations que s'il a été autorisé par la loi, par justice ou par une décision spéciale de l'ordonnateur.
Ce dépôt libère définitivement l'agent comptable.