Le professionnel de santé des armées est soumis à une double subordination, hiérarchique et technique.

Comme officier ou sous-officier, il est hiérarchiquement subordonné à l'autorité d'emploi auprès de laquelle il est placé, conformément aux dispositions de l'article L. 4122-1 du code de la défense.

Dans son exercice de professionnel de santé des armées, il relève de la seule autorité technique du service de santé des armées, conformément à l'article R. 3232-14 du même code.