Le professionnel de santé des armées est soumis à une double subordination, hiérarchique et technique.
Comme officier ou sous-officier, il est hiérarchiquement subordonné à l'autorité d'emploi auprès de laquelle il est placé, conformément aux dispositions de l'article L. 4122-1 du code de la défense.
Dans son exercice de professionnel de santé des armées, il relève de la seule autorité technique du service de santé des armées, conformément à l'article R. 3232-14 du même code.

L'indépendance du professionnel de santé des armées ne fait obstacle ni à l'autorité technique du service de santé des armées sur l'ensemble de son personnel, ni aux règles relatives à la discipline générale militaire.

Les relations entre professionnels de santé des armées, quelles que soient la spécialité qu'ils exercent et la qualité au titre de laquelle ils servent, obéissent aux règles de la hiérarchie militaire générale liées à ces grades et fonctions, ainsi qu'à celles mentionnées au chapitre III du présent titre.

Le médecin militaire ou, en cas d'impossibilité, tout autre professionnel de santé des armées, tient l'autorité militaire compétente informée des résultats pratiques des constatations faites dans l'exercice de ses activités techniques, lorsqu'ils sont de nature à rendre nécessaires, dans l'intérêt du service ou dans celui du patient, des actions de médecine préventive ou curative, individuelle ou collective.