Le conseil scientifique est présidé par le directeur de l'école. Il est composé de vingt à trente membres et comprend :
1° Des représentants de l'administration de l'école ;
2° Des personnalités extérieures désignées pour leurs compétences dans les domaines liés à l'activité de l'école ;
3° Au minimum 30 % de représentants élus des personnels ;
4° Des représentants élus des étudiants poursuivant des études de troisième cycle.
Les personnalités extérieures sont désignées par le conseil d'administration sur proposition du directeur.

Le conseil scientifique :
1° Emet un avis sur les orientations de la politique scientifique de l'école ;
2° Emet un avis sur l'organisation générale de la recherche et sur les moyens affectés à cette dernière, sur la création ou la suppression de laboratoires et sur la stratégie de partenariat des laboratoires ;
3° Est consulté sur les programmes et modalités de formation aux diplômes nationaux de troisième cycle et sur les demandes d'accréditation correspondantes ;
4° Est consulté sur la stratégie d'innovation, de valorisation et de transfert liée à l'activité de recherche des laboratoires de l'école ;
5° Est consulté sur les actions relatives à la diffusion de la culture scientifique et technique ;
6° Evalue les mesures de nature à favoriser le rayonnement scientifique de l'école et le développement de ses projets de recherche et de ses partenariats.
Il donne un avis sur toute question qui lui est soumise par le directeur de l'école.