Pour l'exercice de ses missions, le haut-commissaire dispose de la délégation générale à l'emploi et à la formation professionnelle et de la direction générale de l'enseignement scolaire. Il peut faire appel, en tant que de besoin, aux autres services placés sous l'autorité des ministres chargés de la formation professionnelle et de l'éducation nationale, ainsi qu'aux services placés sous l'autorité des autres ministres concernés.
Le haut-commissaire est rattaché, pour sa gestion administrative et financière, au ministère chargé de la formation professionnelle. Les moyens de fonctionnement liés à sa mission, notamment les crédits de personnel, sont inscrits à hauteur de deux tiers au budget de ce ministère et un tiers à celui chargé de l'éducation nationale.