Les structures internes et les services communs de l'université de Dijon demeurent en place et leurs conseils et responsables demeurent en fonction et continuent d'exercer leurs compétences jusqu'à la désignation des nouveaux conseils et des nouveaux responsables.
Les conseils et les directeurs des composantes de l'université de Dijon, en fonction au 31 décembre 2024, demeurent en fonction et continuent d'exercer leurs compétences jusqu'à la fin de leur mandat respectif.
Les membres des sections disciplinaires compétentes à l'égard des usagers et du personnel enseignant de l'université de Dijon en cours de mandature au 31 décembre 2024 demeurent en fonction et continuent d'exercer leurs compétences jusqu'à la désignation de leurs successeurs au sein du conseil académique de l'établissement public expérimental.
Le comité social d'administration, la commission paritaire d'établissement, la commission consultative paritaire institués au sein de l'université de Dijon demeurent compétents jusqu'à la mise en place, lors du prochain renouvellement général des instances de dialogue social dans la fonction publique, des instances correspondantes au sein de l'établissement public expérimental. Le mandat de leurs membres titulaires et suppléants sont maintenus jusqu'à la même échéance.