Composition du conseil d'administration
Le conseil d'administration comprend 38 membres ainsi répartis :

- 14 représentants des enseignants-chercheurs et des personnels assimilés, des enseignants et des chercheurs, en exercice dans l'établissement, dont 7 professeurs des universités et personnels assimilés ;
- 7 représentants des étudiants et des personnes bénéficiant de la formation continue inscrits dans l'établissement ;
- 7 représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques et des bibliothèques, en exercice dans l'établissement ;
- 10 personnalités extérieures à l'établissement.

Le nombre de membres du conseil d'administration est augmenté d'une unité lorsque le président est choisi hors du conseil d'administration. Le président, ou le vice-président qui le représente, a une voix prépondérante en cas de partage égal des voix.
Le mandat de 4 ans des membres du conseil d'administration court à compter de la première réunion convoquée pour l'élection du président.
Un représentant d'un autre regroupement d'établissements d'enseignement supérieur et de recherche de la région Bourgogne-Franche-Comté non membre de l'l'UBE est invité permanent sans voix délibérative. Le directeur général des services, les directeurs généraux adjoints, l'agent comptable, ainsi que les représentants des établissements-composantes et des établissements associés assistent au conseil d'administration avec voix consultative.
Le président peut inviter au conseil d'administration toute personne concernée par un point de l'ordre du jour.