Lorsqu'un département ministériel ou un établissement public n'atteint pas, pour la quatrième année consécutive, la cible prévue à l'article L. 132-9-5 du code général de la fonction publique, il élabore un rapport motivé qu'il transmet au ministre chargé de la fonction publique, le cas échéant par l'intermédiaire de son autorité de tutelle.
Le ministre chargé de la fonction publique lui notifie sa décision de lui appliquer la pénalité prévue au même article et l'invite à lui présenter ses observations écrites ou orales et à lui communiquer le niveau de la rémunération brute annuelle globale de l'ensemble de ses agents dans un délai d'un mois. Ce délai peut, sur demande, être prorogé d'un mois si les circonstances ou la complexité de la situation le justifient.
Le montant maximal de la pénalité financière est calculé en appliquant au montant de la rémunération brute annuelle globale de l'ensemble des agents un taux qui varie en fonction du résultat obtenu pour l'index mentionné à l'article 2 selon les modalités suivantes :

Le ministre chargé de la fonction publique tient compte, pour déterminer le montant de la pénalité, des mesures prises par l'administration en matière d'égalité salariale entre les femmes et les hommes ainsi que des circonstances en raison desquelles la cible n'a pas été atteinte. Au regard de ces derniers éléments, le montant de la pénalité financière peut être réduit de moitié.
La pénalité est acquittée auprès du comptable assignataire de la dépense compétent.