La commission occupe des locaux mis à sa disposition par la Cour des comptes.
Les membres du collège des experts peuvent prétendre au versement d'indemnités dues, après service fait, au titre des activités réalisées pour le compte de la commission, dont le montant et le plafond sont fixés par arrêté par le Premier ministre.
Les membres du secrétariat de la commission qui ne sont pas membres de la Cour des comptes sont rémunérés dans des conditions propres à assurer leur indépendance.
Les frais de déplacement et de séjour des personnes associées aux travaux de la commission sont remboursés dans les conditions prévues par le décret du 3 juillet 2006 susvisé.
Les crédits affectés à la commission sont destinés à couvrir les indemnités versées aux membres du collège des experts et aux personnes associées aux travaux de la commission et les rémunérations des membres du secrétariat et des rapporteurs et experts mandatés par le secrétariat ainsi que les frais de fonctionnement et de déplacements. Le président de la commission en est ordonnateur.