L'agence nationale des données de voyage est dirigée par un directeur nommé par arrêté conjoint des cinq ministres mentionnés à l'article 1er pour une durée de trois ans. Il est assisté d'un directeur adjoint, secrétaire général de l'agence, qui le supplée en cas d'absence.
Le directeur est responsable de l'organisation, du fonctionnement et de la gestion du budget de l'agence et a autorité sur les personnels qui y sont affectés.
Il est responsable de la politique de sécurité des systèmes d'informations.
Il exerce le pouvoir de sanction prévu à l'article L. 232-5 du code de la sécurité intérieure, à l'encontre des entreprises de transport et représente l'Etat dans les contentieux relatifs aux amendes prononcées à cet effet.
Il participe en tant que de besoin aux instances nationales et internationales traitant des données de voyage.
Il met en place un contrôle interne.
Il prépare les rapports et les dossiers soumis au comité d'orientation et lui présente un rapport annuel d'activité.