L'Ecole nationale d'administration pénitentiaire est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur.

Le conseil d'administration comprend, outre le président nommé par décret, sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice, pour une durée de trois ans renouvelable :
1° Six représentants de l'Etat, membres de droit :
a) Le directeur de l'administration pénitentiaire ou son représentant ;
b) Un représentant du ministre chargé de l'emploi et de la formation professionnelle ;
c) Un représentant du ministre chargé de la santé ;
d) Un représentant du ministre chargé de l'éducation nationale ;
e) Un représentant du ministre de l'intérieur ;
f) Le préfet du département de Lot-et-Garonne ou son représentant ;
2° Quatre fonctionnaires des services déconcentrés de l'administration pénitentiaire et quatre suppléants proposés par le directeur de l'administration pénitentiaire :
a) Un directeur interrégional des services pénitentiaires ;
b) Un directeur fonctionnel des services pénitentiaires d'insertion et de probation ;
c) Deux fonctionnaires exerçant en établissement pénitentiaire, dont un chef d'établissement pénitentiaire ;
3° Trois personnalités extérieures choisies en raison de leurs compétences, dont l'une exerce les fonctions de vice-président ; en cas d'empêchement du président, le vice-président exerce les attributions de ce dernier ;
4° Trois délégués titulaires et trois délégués suppléants élus par les élèves en cours de scolarité à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire répartis en trois collèges :
a) Personnel de surveillance ;
b) Personnel pénitentiaire d'insertion et de probation ;
c) Personnel de direction ;
5° Un représentant du personnel titulaire et un représentant suppléant désignés par chacune des organisations syndicales siégeant au comité technique de l'administration pénitentiaire ; en cas de nouvelles consultations du personnel des services pénitentiaires, la liste des représentants peut faire l'objet, le cas échéant, de modifications ;
6° Deux représentants titulaires et deux représentants suppléants élus par le personnel de l'école.
Les membres du conseil d'administration, à l'exception de ceux mentionnés aux 4°, 5° et 6° du présent article, sont nommés par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, pour une durée de trois ans renouvelable.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration est de trois ans. Le mandat des membres désignés en raison de leurs fonctions cesse avec celles-ci.
Les modalités d'élection des représentants des élèves et de ceux du personnel de l'école sont définies par le règlement intérieur de l'école.
Lorsqu'un siège devient vacant au sein du conseil d'administration, un nouveau titulaire est désigné dans les mêmes formes que son prédécesseur et achève le mandat de celui-ci, sauf si cette vacance intervient moins de six mois avant l'expiration du mandat.
Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire, le directeur adjoint, les directeurs chargés de la formation initiale, de la formation continue, de la recherche, le secrétaire général, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Le représentant du bureau de l'administration centrale de l'administration pénitentiaire chargé de la formation participe au conseil d'administration sans pouvoir prendre part au vote.
Le président peut inviter à assister aux séances du conseil d'administration avec voix consultative toute personne dont il juge la présence utile.

Le mandat de membre du conseil d'administration de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire est exercé à titre gratuit, sous réserve du remboursement des frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président et au moins deux fois par an.
Le président est tenu de convoquer le conseil d'administration, dans le mois qui suit la réception de la demande qui lui en est faite, lorsque celle-ci émane du garde des sceaux, ministre de la justice, du directeur de l'école ou de la majorité des membres du conseil.
Le président fixe l'ordre du jour du conseil, après avis du directeur de l'école. Lorsque la convocation est de droit, l'ordre du jour doit obligatoirement comporter l'examen des questions qui ont justifié cette convocation.
Les délibérations du conseil d'administration ne sont valables que si la moitié au moins de ses membres sont présents. A défaut, il est procédé à la convocation d'une nouvelle réunion qui doit se tenir dans un délai de quinze jours. Le conseil délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations du conseil sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Un membre du conseil peut donner pouvoir à un autre membre dans l'hypothèse où son suppléant serait lui-même empêché de siéger. Aucun membre ne peut recevoir plus d'un pouvoir.
Les avis et délibérations du conseil sont mentionnés dans des procès-verbaux signés par le président et adressés au garde des sceaux, ministre de la justice, ainsi qu'à tous les membres du conseil, dans la quinzaine qui suit la date de la séance. Le compte rendu synthétique des débats du conseil élaboré par le directeur est soumis à l'approbation du conseil lors de la séance suivante.
Après adoption, le compte rendu mentionné au précédent alinéa est porté à la connaissance des personnels et élèves de l'école par tout moyen.

Le conseil d'administration délibère sur :
1° Les orientations générales de l'école, dont le programme annuel des formations après avis du conseil pédagogique et scientifique ;
2° Le catalogue annuel des actions de formation continue ainsi que le programme annuel des recherches, études et colloques après avis du conseil pédagogique et scientifique ;
3° Le rapport annuel du directeur sur l'activité de l'établissement avant sa transmission au garde des sceaux, ministre de la justice ;
4° Le budget et ses modifications ;
5° Le compte financier et l'affectation des résultats ;
6° Les acquisitions, aliénations ou échanges d'immeubles ;
7° L'exercice des actions en justice et les transactions ; il peut, dans les conditions qu'il détermine, déléguer ses attributions au directeur de l'école ;
8° Les emprunts et participations à toute forme de groupement public ou privé ;
9° Les catégories de contrats, conventions ou marchés qui devront, en raison de leur nature ou de leur montant, lui être soumis pour approbation ;
10° L'acceptation des dons et legs ;
11° Le règlement intérieur de l'école.
Il fixe son règlement intérieur.

Le conseil d'administration peut désigner en son sein un comité restreint de six membres, composé notamment de son président, d'un représentant du personnel et d'un représentant des élèves. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire, le directeur adjoint, les directeurs chargés de la formation initiale, de la formation continue, de la recherche, le secrétaire général, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable ou leurs représentants assistent aux séances du comité restreint avec voix consultative.
Le conseil d'administration peut déléguer au comité restreint tout ou partie des attributions mentionnées aux 5°, 6°, 7°, 8° et 9° de l'article R. 112-50.
Le comité restreint rend compte à la première séance du conseil d'administration des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Sous réserve des cas prévus aux alinéas suivants, les délibérations du conseil sont exécutoires quinze jours après leur réception par le garde des sceaux, ministre de la justice, à moins que celui-ci, dans ce délai, n'y fasse opposition ou, au contraire, autorise, compte tenu de l'urgence, leur exécution immédiate. Toutefois, ce délai est porté à trente jours s'agissant du règlement intérieur de l'école et de ses modifications.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par les dispositions du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les délibérations portant sur les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ainsi que sur les emprunts et prises de participation ne sont exécutoires qu'après approbation expresse du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.
Les décisions prises par le comité restreint en vertu de la délégation prévue par les dispositions de l'article R. 112-51 sont exécutoires dans les mêmes conditions.

Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire est nommé par décret, sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice, pour une durée de trois ans renouvelable une fois. L'emploi de directeur est régi par les dispositions du décret n° 2017-99 du 27 janvier 2017 relatif au statut d'emploi de directeur fonctionnel des services pénitentiaires et du décret n° 2019-1594 du 31 décembre 2019 relatif aux emplois de direction de l'Etat.
Il est assisté d'un directeur adjoint, nommé par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.
Il est également assisté d'un secrétaire général et des directeurs chargés de la formation initiale, de la formation continue et de la recherche, nommés par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice.

Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire prépare et exécute les délibérations et décisions du conseil d'administration.
Il assure le fonctionnement et la gestion des services de l'établissement. Il recrute, nomme et gère les personnels contractuels de l'école.
Il met en œuvre la mission pédagogique et scientifique de l'école. A ce titre, il préside le conseil pédagogique et scientifique de l'école.
Il désigne les professeurs, conférenciers et intervenants et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination.
Il a autorité sur l'ensemble du personnel de l'école ou en formation dans celle-ci et est responsable de la discipline intérieure et de la sécurité au sein de l'établissement dans les conditions prévues par le règlement intérieur.
Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile.
Il prend, en cas d'urgence, l'initiative d'agir en justice pour la défense des intérêts de l'établissement et en rend compte à la plus prochaine réunion du conseil d'administration.
Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement.
Il peut déléguer sa signature au directeur adjoint pour l'ensemble de ses attributions, au secrétaire général, aux directeurs chargés de la formation initiale, de la formation continue et de la recherche, dans la limite de leurs attributions respectives, ainsi qu'à leurs subordonnés.

Sous réserve des dispositions du décret n° 97-3 du 7 janvier 1997 portant déconcentration de la gestion de certains personnels relevant du ministère de la justice, le garde des sceaux, ministre de la justice, peut déléguer, par arrêté, au directeur de l'école ses pouvoirs disciplinaires en ce qui concerne l'avertissement et le blâme des élèves appartenant aux corps de fonctionnaires effectuant leur scolarité à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire.

Le personnel de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire comprend, outre le personnel de direction, les agents soumis aux dispositions de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires affectés à l'établissement en position d'activité ou de détachement pour y exercer des fonctions administratives, techniques, d'enseignement ou de recherche et les agents contractuels recrutés selon les modalités prévues par la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat. Ceux de ces agents qui étaient également soumis, avant leur affectation à l'école, au statut fixé par le décret n° 66-874 du 21 novembre 1966 conservent le bénéfice du régime de rémunération et d'indemnités qui leur était applicable dans leur précédente affectation.
L'école peut, en outre, faire appel à du personnel rémunéré à la vacation pour assurer à titre accessoire un enseignement ou toute autre action relevant de ses missions. Ce personnel est recruté par le directeur de l'école.

Les formateurs et les responsables de formation affectés à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire sont nommés par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, pour une durée de quatre ans, renouvelable dans la limite d'une durée totale de sept ans.