Le président de l'UPHF par ses décisions, le conseil d'administration, le conseil de la recherche, le conseil de la formation et de la vie étudiante par leurs délibérations et avis, le comité d'orientation stratégique polytechnique Hauts-de-France par ses propositions ainsi que les autres organes académiques et techniques de l'établissement assurent l'administration de l'UPHF.