Le mandat des membres élus et des personnalités qualifiées du conseil d'administration et du conseil scientifique est de quatre ans, à l'exception de celui des représentants des étudiants, qui est de deux ans. Ce mandat est renouvelable.
Les représentants des personnels et des étudiants sont élus au scrutin de liste indirect à un tour, sans panachage ni vote préférentiel, à la représentation proportionnelle, avec répartition des restes selon la règle du plus fort reste. Le corps électoral est composé de grands électeurs issus des personnels de l'établissement public et des établissements membres. Le nombre de grands électeurs pour les collèges mentionnés aux 3°, 4° et 5° de l'article 6 est défini dans le règlement intérieur. Chaque établissement membre transmet la liste des grands électeurs qu'il a désignés au président de l'établissement public qui arrête la liste électorale. Chaque établissement fixe les modalités de désignation de ses grands électeurs.
Les listes de candidats doivent comporter alternativement un candidat de chaque sexe. Les listes doivent comprendre :
1° Trois noms pour les sièges à pourvoir dans chacun des deux collèges du 4° de l'article 6 avec, pour les représentants des personnels exerçant leurs fonctions dans l'un des établissements ou organismes membres, des candidats issus d'au moins trois de ces établissements ou organismes ;
2° Six noms pour les sièges à pourvoir au titre du 5° de l'article 6 avec des candidats issus d'au moins trois des établissements ou organismes membres et au moins un candidat suivant sa formation sur le Campus Condorcet ;
3° Trois noms pour les sièges à pourvoir dans chacun des deux collèges du 3° de l'article 6 avec des candidats issus d'au moins deux des établissements ou organismes membres et de l'établissement public.
L'élection a lieu soit par dépôt d'un bulletin de vote en papier dans une urne, soit par voie électronique par internet, selon les modalités fixées par le décret du 26 mai 2011 susvisé.
Tout recours juridictionnel contre les élections doit être précédé d'un recours déposé auprès du président de l'établissement public dans un délai de cinq jours à compter de la publication des résultats. Le président statue sur ce recours dans les huit jours de son dépôt. A défaut, le recours est réputé rejeté.
Lorsqu'un membre d'un conseil est empêché définitivement de siéger, démissionne ou perd la qualité au titre de laquelle il a été élu ou désigné, il est remplacé pour la fin du mandat dans des conditions fixées par le règlement intérieur. Cependant, si la vacance intervient moins de six mois avant la fin du mandat en cours, le siège reste vacant jusqu'à la fin du mandat.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an selon les modalités prévues à l'article 8. Il est également réuni, sur un ordre du jour déterminé, à la demande des ministres de tutelle ou du tiers au moins de ses administrateurs.
L'ordre du jour des réunions et les documents s'y rapportant sont communiqués aux administrateurs au moins huit jours à l'avance.
Le président peut inviter aux séances toute personne dont il juge la présence utile ou dont la présence est proposée par l'un des administrateurs.
Sous réserve des dispositions spécifiques du présent décret, les délibérations du conseil d'administration sont prises à la majorité simple des administrateurs présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le conseil d'administration ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins des administrateurs en exercice sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est convoqué sur le même ordre du jour dans les quinze jours. Il délibère alors valablement, quel que soit le nombre d'administrateurs présents.
Tout administrateur empêché d'assister à tout ou partie d'une séance peut donner procuration à un autre administrateur. Aucun administrateur ne peut détenir plus de deux procurations.
Chaque administrateur dispose d'une voix.

Le règlement intérieur précise la composition du conseil scientifique, les modalités d'organisation et de fonctionnement des conseils et du bureau. Il précise également les conditions d'organisation des scrutins et de désignation des représentants élus ou désignés des conseils.

Les fonctions de membre du conseil d'administration et du conseil scientifique sont exercées à titre gracieux.
Les frais occasionnés par leurs déplacements et leurs séjours sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.