Pour être éligibles, les dépenses doivent être prévues dans l'acte attributif de subvention, justifiées et acquittées par le bénéficiaire ou l'un de ses partenaires au sens du cofinancement européen.
Un bénéficiaire peut déclarer des dépenses supportées par lui et des partenaires publics ou privés dans le cadre d'un projet collaboratif cofinancé par le FAMI ou le FSI. Dans ce cas, une convention de partenariat entre le bénéficiaire et ces partenaires précise les engagements réciproques.
Les dépenses des partenaires doivent respecter les règles d'éligibilité des dépenses fixées par le présent décret.
Ces coûts sont justifiés par les pièces suivantes :

- des copies de factures ou de pièces comptables de valeur probante équivalente permettant d'attester la réalité des dépenses ;
- des copies de pièces non comptables permettant d'attester, de façon probante, la réalisation effective de l'opération.

Les paiements effectués par le bénéficiaire doivent prendre la forme de mouvements financiers (décaissement), à l'exception des amortissements.
Les preuves de l'acquittement des dépenses sont :

- soit les copies des factures acquittées par les fournisseurs ;
- soit les copies des relevés de compte du bénéficiaire, faisant apparaître le débit correspondant et sa date ;
- soit l'état récapitulatif des dépenses liées au projet, dont le paiement est attesté par le comptable public, pour les opérateurs publics, ou un commissaire aux comptes ou un expert-comptable externe à la structure, pour les autres opérateurs.

L'autorité responsable peut demander tout document ou pièce originale nécessaire à l'établissement de la preuve de la dépense et de son acquittement, à des fins de vérifications sur pièces et sur place.
En ce qui concerne les dépenses présentées sur une base forfaitaire, la production des factures acquittées ou de pièces comptables de valeur probante équivalente correspondant à ces coûts n'est pas requise. En revanche, ces dépenses doivent être justifiées par des pièces non comptables permettant d'attester la réalisation effective du projet.