La spécificité de l'estuaire de la Gironde et des pertuis est liée notamment :

1. A la remarquable diversité des habitats marins et au caractère exceptionnel de certains d'entre eux, en particulier les vasières, les estrans calcaires, les estuaires et leurs panaches ainsi que les couloirs de migration qui s'y rattachent.
2. A l'existence d'espèces rares et menacées, notamment l'avifaune, les mammifères marins, les tortues marines, l'esturgeon et les autres poissons amphihalins, pour lesquels l'estuaire de la Gironde et les Pertuis sont d'intérêt national et européen.
3. A la grande productivité des milieux humides littoraux et marins, due à des habitats interconnectés et à une biodiversité ordinaire très riche dans les marais, claires, fleuves, estrans, pertuis et au large.
4. Aux richesses marines et aux produits de la mer à la qualité reconnue, travaillés par les communautés de conchyliculteurs et de pêcheurs, indicateurs du bon état des milieux.
5. Aux activités maritimes, portuaires et industrielles, structurantes d'un tissu économique interrégional, et aux nombreuses activités touristiques, de loisirs, et sportives qui s'y exercent.
6. A l'importance des patrimoines culturel et naturel, témoins d'une passion maritime riche et ancienne partagée par les marins, les conchyliculteurs, les pêcheurs professionnels et récréatifs, les plaisanciers et les sportifs, aussi bien dans les estuaires, le bord de mer, les espaces maritimes que les îles.

Il est créé à l'ouest des départements de la Gironde, de la Charente-Maritime et de la Vendée un parc naturel marin dénommé « parc naturel marin de l'estuaire de la Gironde et de la mer des Pertuis », défini par les limites suivantes, les coordonnées géographiques étant exprimées dans le système WGS 84 :

- à l'est : par la limite terrestre du rivage de la mer ;
- au nord, par le parallèle 46° 26,1 N ;
- à l'ouest, par une ligne reliant les points suivants :

A : 46° 26,1 N - 02° 05,1 W
B : 46° 04,1 N - 02° 05,1 W
C : 45° 39,4 N - 01° 40,8 W
D : 45° 26,4 N - 01° 40,8 W

- au sud : par le parallèle 45° 26,4 N.

La limite dans les estuaires est ainsi déterminée :

- pour le Payré : à l'est jusqu'à la limite transversale de la mer, correspondant à la ligne reliant le chemin du village du port au chemin de la Maisonnette, et à l'ouest jusqu'au chenal du Payré ;
- pour le Lay : jusqu'à la limite transversale de la mer, ligne formée par le prolongement de la partie du canal du Braud située derrière la digue de ceinture du marais de Grues ;
- pour la Sèvre niortaise : jusqu'à l'ancien pont routier et aux écluses du Brault ;
- pour la Charente : jusqu'au pont suspendu de Tonnay-Charente ;
- pour la Seudre : jusqu'à la limite transversale de la mer, située au niveau de l'écluse du Ribérou à Saujon ;
- pour la Gironde : jusqu'à la limite de salure des eaux située au feu du bec d'Ambès.

Les cours d'eaux, canaux, chenaux ou étiers qui se rattachent aux estuaires de la Sèvre niortaise, de la Charente et de la Gironde sont exclus du classement. Sont également exclues du périmètre du parc les portes à la mer.
Cet espace maritime intéresse l'ensemble du domaine public maritime naturel et les zones en eau du domaine public maritime artificiel.
Il comprend le sol, le sous-sol et la masse d'eau qui les recouvre.