Voies navigables de France fixe, conformément aux dispositions de l'article L. 2125-3 du code général de la propriété des personnes publiques, le montant des redevances, prévues au 2° de l'article L. 4316-1, dues à raison de toute emprise ou de tout autre usage que ceux mentionnés aux articles R. 4316-1 à R. 4316-5, y compris le prélèvement de matériaux.
Il perçoit à son profit les redevances dues pour l'utilisation du domaine non concédé.

Les frais exceptionnels d'entretien ou de restauration des voies navigables entraînés par certaines utilisations du domaine, telles que le rejet dans ces voies de quantités importantes de sédiments, peuvent donner lieu au versement de participations proportionnées au montant de ces frais. Ces participations sont dues par l'utilisateur du domaine et versées par lui à Voies navigables de France. A défaut d'accord amiable, leur montant est fixé par le conseil d'administration de l'établissement public.

Sur le domaine qui est confié à Voies navigables de France, le droit de pêche et le droit de chasse sont exploités par l'Etat dans les conditions habituelles.
L'Etat reverse à l'établissement public les produits du droit de pêche et du droit de chasse.

L'établissement public reverse aux concessionnaires, s'il y a lieu, la participation prévue à l'article R. 4316-12 et les produits du droit de pêche et du droit de chasse.