La taxe annuelle mentionnée à l'article L. 4316-3 est due par les titulaires d'ouvrages de prise d'eau, de rejet d'eau ou autres ouvrages et détenteurs à ce titre d'une autorisation d'occupation du domaine délivrée avant le 1er janvier de l'année au titre de laquelle est perçue la taxe, quelle que soit l'autorité qui a délivré l'autorisation.
Les redevables adressent au comptable de Voies navigables de France leur déclaration accompagnée du paiement de la taxe avant le 1er mai de l'année au titre de laquelle cette taxe est due.
Toutefois, la taxe peut donner lieu, à partir de la deuxième année d'assujettissement, au versement d'acomptes avant le 1er février et avant le 1er mai de l'année au titre de laquelle elle est due, le solde étant acquitté avant le 1er août de la même année. Le premier acompte est égal au tiers de la taxe versée au titre de l'année précédente. Le deuxième acompte est égal à la moitié de la différence entre le montant de la taxe due, tel qu'il ressort de la déclaration effectuée au titre de l'année en cours, et le premier acompte versé.

Pour les ouvrages autres que les ouvrages liés à un usage agricole, le taux de base mentionné au 1° de l'article L. 4316-4 est fixé à :
1° 1,15 € par mètre carré pour une emprise située dans une commune de moins de 2 000 habitants ;
2° 11,20 € par mètre carré pour une emprise située dans une commune de 2 000 habitants et de moins de 100 000 habitants ;
3° 22,50 € par mètre carré pour une emprise située dans une commune de 100 000 habitants et plus.
Pour les ouvrages liés à un usage agricole, ce taux de base est celui fixé au 1° ci-dessus, quelle que soit la commune d'implantation de l'ouvrage.
Pour l'ensemble des usages, ce taux est réduit de 50 % pour la fraction de la superficie de l'emprise au sol des ouvrages comprise entre 10 000 et 20 000 mètres carrés et de 85 % pour la fraction de la superficie de l'emprise supérieure à 20 000 mètres carrés.
Le nombre d'habitants de chaque commune est déterminé par le dernier recensement disponible de l'Institut national de la statistique et des études économiques. La population de référence est la population avec doubles comptes.

Pour les ouvrages autres que les ouvrages hydroélectriques autorisés par le code de l'énergie, le taux de base mentionné au 2° de l'article L. 4316-4 est fixé à 5,7 € par millier de mètre cube prélevable ou rejetable.
Le volume prélevable est le volume maximal annuel prélevable de l'ouvrage, tel qu'il résulte de la capacité physique de celui-ci. Le volume rejetable est le volume maximal annuel rejetable par l'ouvrage, tel qu'il résulte de la capacité physique de rejet de l'ouvrage et des quantités susceptibles de transiter par celui-ci.
Les coefficients d'abattement appliqués à cet élément de la taxe prévus au 2° de l'article L. 4316-4 sont de 94 % pour les usages agricoles et de 10 % pour les usages industriels.
La superficie d'emprise et les volumes définis ci-dessus sont mentionnés dans les actes autorisant l'occupation du domaine confié à l'établissement public postérieurs au 22 août 1991.

Pour les ouvrages hydroélectriques autorisés par le code de l'énergie, le taux de base mentionné au 2° de l'article L. 4316-5 est fixé à 8,67 €.
Le coefficient d'abattement appliqué à ce deuxième élément de la taxe est celui applicable aux usages industriels, tel qu'il est défini à l'article R. 4316-3.
La superficie d'emprise au sol des ouvrages correspondants et la puissance maximale brute autorisée de la chute sont mentionnés dans les actes autorisant l'occupation du domaine confié à l'établissement public.

Lorsqu'un titulaire pour un même usage de l'eau utilise une installation comprenant, à proximité et dans le même bief, soit un ouvrage mixte de prise et de rejet d'eau, soit un ensemble d'ouvrages assurant une fonction de prise et de rejet d'eau, il est assujetti à une taxe unique pour l'installation de prise et de rejet d'eau. Dans ce cas :
Pour le calcul du premier élément de la taxe, la superficie à prendre en compte est la somme des superficies d'emprise des ouvrages de l'installation ;
Pour le calcul du second élément de la taxe, le volume retenu est le plus grand des deux volumes suivants : volume maximal prélevable ou volume maximal rejetable.

Le paiement de la taxe prévue à l'article L. 4316-3 tient lieu de redevance pour occupation du domaine par les ouvrages de prise ou de rejet d'eau.

La contre-valeur de la taxe due à Voies navigables de France par les titulaires d'ouvrages mentionnée à l'article L. 4316-3 peut, sur décision de la collectivité publique ou de l'établissement public compétent, être répercutée en tout ou partie sur chaque usager des services publics de distribution d'eau et d'assainissement, sous la forme d'un supplément au prix du mètre cube d'eau.

Le montant du supplément mentionné à l'article R. 4316-7 est déterminé, pour une année donnée, en divisant le montant de la taxe due par le titulaire d'ouvrages pour cette même année majoré du moins-perçu ou minoré du trop-perçu de l'année précédente, selon le cas, par le volume d'eau total facturé aux usagers au cours de l'année précédente ; le montant ainsi obtenu est arrondi au centime ou au demi-centime le plus proche.
Le moins-perçu ou le trop-perçu est égal à l'insuffisance ou à l'excédent du montant mis à la charge de l'ensemble des usagers qui résulte de ce que le supplément est déterminé en fonction du volume d'eau facturé l'année précédente.
Le montant mis à la charge de chaque usager est obtenu en multipliant le supplément au prix du mètre cube d'eau par le volume d'eau consommé. Il est individualisé dans la facture adressée à l'usager.

Lorsqu'un titulaire d'ouvrages répercute la taxe sur une personne publique ou privée qui gère un service public de distribution d'eau ou d'assainissement, cette dernière peut répercuter à son tour le montant qu'elle acquitte au titulaire d'ouvrages sur l'usager final du service, selon les modalités prévues aux articles R. 4316-7 et R. 4316-8.